농업과학기술연구소는 열에너지 연구센터, 국제농업센터, 연륜 연구센터, 바이오산업체 경영 컨설팅센터, 농업생명과학센터, 기후변화 연구센터, 농촌관광개발연구센터, 농업생산부, 농업환경부, 농산가공부, 경영정보부, 기획관리부 등 7개 센터와 5개 부를 두고 활동하고 있다. 연구소의 기본 운영계획 수립, 연구과제의 선정과 평가, 연구소 운영예산 및 결산․심의, 기타 연구소 운영에 관한 전반적인 업무활동은 소장이 관장하며 운영위원회의 심의를 거쳐 결정된다, 농업과학 연구지는 편집 위원장의 주관 하에 편집 위원회를 통하여 발간되고 있다.
-
열에너지 연구센터 : 농촌 열에너지와 농업동력 및 자동화에 관한 연구
-
국제농업센터 : 해외 농업·농촌 개발 관련 연구 및 컨설팅
-
연륜 연구센터 : 연륜을 이용한 생태, 고목재 연대측정 및 고기후 복원에 관한 연구
-
바이오산업체 경영 컨설팅센터 : 농기업 미 바이오산업체에 대한 창업 지원 및 업무대행, 마케팅 및 경영컨설팅 제공
-
농업생명과학센터 : 농업생명과 바이오 농업분야에 관한 연구
-
기후변화 연구센터 : 기후변화에 의한 전 세계 식량작물 연구
-
농촌관광 개발연구센터 : 농촌관광의 활성화에 관한 연구
-
농업생산부 : 동·식물생산기술에 관련된 연구
-
농업환경부 : 농업환경보전과 동·식물보호에 관련된 연구
-
농산가공부 : 농림축산물 주·부산물 이용과 가공에 관한 연구
-
경영정보부 : 농업경영과 정보화에 관한 연구
-
기획관리부 : 연구소 운영의 기획업무와 논문집 발간, 학술발표회 및 지역농업개발에 관한 사업과 국제협력에 관한 업무