대학 내 농업 생명과학 분야의 연구를 총괄 지원하고, 효율적인 관리체계를 갖추어 대학의 연구역량을 극대화하며, 아울러 학·연·산 Network 구축 및 협동연구 활동을 확대 및 발전시키고, 국제 공동연구 및 협력 사업을 체계적으로 추진하며, 우리나라 농업생명과학 발전에 선도적 역할을 하는데 취지를 두고 있다.
농업과학기술연구소는 1972년에 발족하여 1975년에 과학 연구소로 개칭 1979년 농과대학 부속 농업과학 연구소로 개칭되었으며, 1988년에 법정 연구소로 정식인가를 받았다. 그 후 1997년 농촌 열에너지 연구소와 통합되어 현재의 구조를 갖춘 연구소로 발전하게 되었다. 특히, 몇 번에 걸쳐 구조 개편과 연구원들의 노력으로 충북지역의 농산물 생산과 유통, 작목 체계 등 여러 분야의 연구 활동으로 농가 소득에 지대한 공헌을 해오고 있다.
농업과학기술연구소는 비전임연구원 53명, 전임연구원 3명과 연수연구원 7명 특별연구원 2명, 조교 1명 등 우수한 연구 인력을 확보하고 있으며, 첨단 기술, 유전공학, 생명공학 등 농업 전 분야에 걸쳐 고루 활동을 하고 있다.
앞으로 WTO, FTA 등 국제경쟁력 측면에서 새로운 품종 개발, 작부체계 개발, 농산물의 부가가치의 향상을 위한 기능성 식품 개발, 환경친화적인 농업개발, 보다 효과적인 유통 구조의 개선 등 여러 분야에서 지속적인 농업 구조 기반의 조성과 농업의 기초생산기술, 농업환경과 동식물의 보호, 농산물의 가공·유통, 생산 기반 조성과 기계화, 기타 농업과 농촌의 발전에 관련된 이론 및 응용연구 그리고 국제 교류의 확대를 통하여 농업발전과 대학교육 발전에 이바지하기 위하여 노력하고 있다.
또한 연구소는 지방대 육성방의 일환으로 BT와 IT를 중심으로 한 지방 거점 연구소로서의 기능을 할 수 있도록 시설 및 인원을 확충하고 있다. 특히 전임연구원의 충원, 연구시설의 확충과 연구보조원의 증원, 다양한 연구인력 구축 등 연구 전반에 걸쳐 소요되는 각 분야의 인원, 장비, 실험기자재의 완비를 통하여 모든 연구원이 보다 안락하고 쾌적한 분위기 속에서 연구에 전념할 수 있도록 제반 문제를 해결해가고 있다.
농업과학 기술연구소는 지역주민과 농가의 경영혁신을 위한 기술 ㆍ 경영의 종합 컨설팅 연구로 발전하며, 동시에 농과대학 교수들의 연구
활성화를 위한 농학 및 생명공학 관련 연구소의 기능을 다할 수
있도록 다음과 같은 장ㆍ단기 계획을 바탕으로 계속 발전하게 될 것이다.